微生物菌肥利用微生物技术减少化肥用量，提高果蔬的养分吸收能力，提高产量，建立安全，环保的果蔬新生产模式，保护生态环境，确保食品安全，建立可持续，生态水果产业的目标。通过应用和推广先进，便捷和实用的农业生物技术，创造巨大的经济和社会效益。

微生物菌肥促进作物产量的另一个因素是，通过改善作物的营养环境并释放激素，它可以增强植物的抗逆性，并且对植物病虫害具有一定的抑制作用，从而减少了产量损失。

其使用的效果受环境条件（例如营养，水分，温度，pH等）影响，由于目前的生产技术不成熟，产品质量低下，具体的作用机理还不是很清楚，我国仍处于生物肥料领域，只是处于试验阶段。实际投入生产和使用的生物肥料并不多，但已引起了许多农业生物学专家的关注。

随着菌株和制剂的不断发展，微生物菌肥中使用的菌株类型不断扩大。目前，使用了110多种细菌，包括细菌，真菌，放线菌和蓝细菌，菌株的发展直接促进了新型菌肥的生产。

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