土壤基本耕作与施用有机肥相结合，可以有效改善和恢复土壤肥力，稳定土壤环境，提高土壤肥力和生产力。

深耕可以改变土壤的物理结构，影响土层水分分布，调节水、肥、气、热的比例。由于收获后土壤致密，固相比例大，耕作可以改善耕层结构，建立适合作物生长的结构。主要表现在改善土壤通气性，有利于种子萌发，降低作物根系生长阻力，增强根系活力。

耕作后的土壤有利于蓄水保墒，充分发挥土壤的“小水库”作用，增强农田春季抗旱能力。结合有机肥的深施，可使土壤与肥料相结合，逐步提高土壤肥力。特别是对于质地较重或附着阻挡层的土壤，翻耕和施用有机肥能显著改善土壤结构，有利于作物根系生长。对于长期淹水、土壤物理性质较差的农田，翻耕可以改善长期淹水形成的潜育层，促进氧化，减少还原性有害物质的积累，有利于土壤健康。

土壤耕作时，配合全层施用有机肥，可达到事半功倍的效果。我国农田土壤有机质含量普遍不高，必须注意有机肥的合理施用。有机肥的分解产物除了提供适当的无机和有机养分外，还能更新腐殖质，形成微团聚体，改善土壤性质，提高土壤肥力。

土壤微团聚体具有很强的吸收、储存、释放和传递水分和养分的能力，同时也具有很大的缓冲能力。适宜的微团聚体对调节土壤的水、肥、气、热、缓冲性能起着重要作用。施用有机肥还可以增强土壤酶活性，提高土壤肥力。